In Bayers Amtszeit als Pfarrer der Stadtkirche fiel die Generalsanierung des maroden Gotteshauses von 2006 bis 2014: „Ich bin 2001 nach Bayreuth gekommen. Zuvor hatte ich zwölf Jahre lang als Krankenhausseelsorger in der Psychiatrie in Günzburg gearbeitet. Ich wollte mich in Bayreuth wieder verstärkt um die Seelsorge kümmern, als mir buchstäblich die Trümmer vom Dach der Stadtkirche vor die Füße fielen.“ Während der Sanierungsjahre gewann Hans-Helmut Bayer Einblicke in die Historie der Stadtkirche, wie sie wohl nur wenige Menschen haben.