Die Sektion Troja und die Archäologie erzählt die Geschichte der Ausgrabungen - im heutigen Nordwesten der Türkei - und setzt sich dabei kritisch mit Schliemanns Methoden, Schlüssen und Bewertungen auseinander. Die von ihm entdeckte „Verbrannte Stadt“ sei nicht das Troja des Trojanischen Kriegs gewesen, wird erläutert. „Er machte übertriebene Angaben über seine Funde, um seine Theorie zu untermauern“, heißt es in der Ausstellung. „Er (Schliemann) war ein großer Eigenpublizist, und wir wissen heute, dass er falsch lag. Sein Troja war rund 1000 Jahre zu früh“, so Kuratorin Villing.
Plakate zum Hollywood-Film „Troja“ mit Brad Pitt und literarische Bezüge von Schriftstellerinnen wie Christa Wolf, Pat Barker und Margaret Atwood sollen die moderne Auseinandersetzung mit dem Mythos von Troja belegen. „Wir haben keine Chance gegen eine Zeit, die Helden braucht“, wird aus Wolfs Erzählung „Kassandra“ zitiert.
Unter den zahlreichen Gemälden, die von Legende und Wahrheit über Troja inspiriert wurden, ist auch „Das Urteil des Paris“ von Lucas Cranach d. Älteren zu sehen, das der Queen gehört. Die Ausstellung schließt mit einer großen Fotoaufnahme von Sophia Schliemann, der Ehefrau des Forschers, die sich 1874 mit Nachahmungen des Schmucks der schönen Helena von Troja zierte.