Unter Uwe M. Schneede, der das Haus von 1990 bis 2006 leitete, bekam die Kunsthalle - nach dem Erweiterungsbau von 1919 - ihr drittes Gebäude 1997: die Galerie der Gegenwart - ein dreistöckiger Kubus des Kölner Architekten Oswald Mathias Ungers. Hier findet die Kunst ab 1960 ihr Zuhause - von Gerhard Richter über Georg Baselitz bis Bruce Nauman. Schneede hatte zudem Künstler eingeladen, neue Arbeiten zu entwickeln und die Räume zu bespielen - die Werke sind seitdem Bestandteil der Architektur wie Jenny Holzers "Ceiling Snake".
Auch das Thema Finanzen wird in der Schau nicht ausgespart: Seit 1999 eine unabhängige Stiftung, beklagt die Kunsthalle seit Jahren eine "strukturelle Unterfinanzierung", der Etat ist im bundesweiten Vergleich mit anderen Häusern relativ gering. Höhepunkt der Auseinandersetzung ums Geld war 2010 ein Streit zwischen Direktor Hubertus Gaßner (Amtszeit 2006-2016) und der damaligen Kultursenatorin Karin von Welck (parteilos). Dabei drohte Gaßner, die Galerie der Gegenwart für ein halbes Jahr zu schließen - was jedoch genauso verhindert werden konnte wie der Vorschlag, Gemälde der Kunsthalle zu verkaufen.
Durch eine großzügige Spende in Höhe von 15 Millionen Euro von Alexander Otto, Sohn des Versandhausgründers Werner Otto, konnte die Hamburger Kunsthalle von 2014 bis 2016 umfangreich modernisiert werden - seitdem befindet sich der Haupteingang wieder am Gründungsbau gegenüber der Galerie der Gegenwart. Zum Amtsantritt von Alexander Klar, Nachfolger von Christoph Martin Vogtherr, der nach nur 16 Monaten Amtszeit die Kunsthalle überraschend wieder in Richtung Berlin verlassen hatte, wurde das Defizit auf Null gesetzt.